Fårup Sø er 11 meter på det dybeste sted og er dermed en af områdets dybeste søer. Størstedelen af søens vand kommer fra kilder i og ved søen. Grejs Å har sit udspring i de mange kilder i og omkring Fårup Sø. Søen er en udpræget aborresø, hvor man også finder skalle, brasen, gedde, søørred og ål.  

Fiskeri kan ske fra broen ved østenden af søen eller fra en af udlejningsbådene. Både kan lejes ved Fårup Sø Kiosk og Bådudlejning. Det er ikke tilladt at sejle i egen båd på søen. Den private ejendomsret bedes respekteret, så der må ikke fiskes fra bredden. Borde og bænke er opstillet ved søen.

Kun det statslige fisketegn er påkrævet for at fiske i søen.